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除了细菌侵入引发的肠胃炎之外，病毒性侵入，例如诺瓦克病毒和柯萨奇病毒也会引发肠胃炎，春季是轮状病毒入侵的季节，严重的腹泻经常导致成人和婴幼儿的主要治疗，肠病毒和腺病毒感染肺，也能感染胃和肠道。
婴幼儿和成人腹泻的流行常是因为粪便中的微生物污染水和食物引发的，感染也可以在人与人之间的传播，当腹泻者排便后没有清洁双手后更易感染他人，接触爬行类动物后将手放入口中或手拿食物饮食也会感染沙门菌。
细菌产生的毒素引起肠壁细胞分泌电解质和水，水样腹泻就是由此引起。埃希大肠杆菌产生的毒素可引起腹泻，甚至在医院、托儿所引起腹泻的暴发流行。
一些肠道寄生虫，尤其是贾第鞭毛虫，吸附或侵犯肠道粘膜，引起恶心、呕吐、腹泻和全身中毒症状，称为贾第鞭毛虫病，常见于寒冷地带，如北美洛基山脉和北欧。
隐孢子虫的肠道寄生虫可引起水样腹泻，有时伴有腹痛、恶心和呕吐。健康人患此病时，通常病情轻微，但当该病发生于免疫系统功能减弱的病人，则感染是严重的，甚至危及生命。
不能消化奶中乳糖的疾病，称为乳糖不耐受症，也可引起胃肠炎。这常常发生在病人饮用牛奶以后，有时被错误地怀疑为对牛奶过敏。
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